I slutningen af 1800-tallet eksploderede den internationale skibstrafik og Københavns havn kunne slet ikke håndtere mængden af gods, der ankom med skib. Samtidig var Kielerkanalen åbnet og i Hamburg var etableret en stor Frihavn som man frygtede konkurrence fra. Det blev derfor besluttet, at bygge en helt ny stor frihavn nord for kastellet på Østerbro med dybt vand, kajer, kraner og øvrige moderne havnefaciliteter.
Kjøbenhavns Frihavns-Aktieselskab (KFA) blev stiftet den 25. april 1891 og landets førende ingeniører og arkitekter skabte områdets overdådige bygningsmasse og verdens første havneanlæg drevet alene ved elektrisk kraft. Frihavnen blev indhegnet af et toldgitter og var dermed at betragte som udland, hvor gods kunne opbevares uden at være fortoldet i Danmark.



Københavns Frihavn blev åbnet for trafik den 9. november 1894 og samtidig åbnedes en jernbanefærgeforbindelse til Malmø. Allerede ved åbningen var Frihavnen forsynet med et ganske betydeligt spornet til betjening af kajer og pakhuse, værksteder samt betjening af de produktionsvirksomheder, der etablerede sig i frihavnsområdet.
Frihavnen fik forbindelse med den nye Østerport station, og til betjening af Toldboden og havneområdet ned langs Larsens Plads anlagdes der gennem det bagerste stykke af Kastellet to jernbanespor - det ene gennemgående tilhørende statsbanerne - det andet et udtræksspor tilhørende frihavnsselskabet. Disse spor anlagdes på den såkaldte Lukkede Vej med egen toldvagt og var i brug helt frem til 1975.





Trafikken med såvel person- som godsvogne mellem Østerport station og Frihavnsstationen blev varetaget af statsbanerne mens al anden banedrift blev varetaget af KFA. Til åbningen indkøbtes et B-koblet damplokomotiv fra Neilson, Reid & Co, Glasgow i Skotland, der i 1895 blev efterfulgt af endnu en maskine. En lokomotivremise med plads til to lokomotiver blev anlagt ved Søndre Frihavnsport ved Folke Bernadottes Allé og eksisterede frem til 1988.



I de følgende årtier blev Frihavnen løbende udvidet mod nord. I 1920´erne gik jernbanetrafikken over frihavnen meget tilbage på grund af lastbilkonkurrencen. Under 2. Verdenskrig skete der en markant fremgang på grund af tørvetransporter men efter krigen faldt trafikken atter. Frihavnen fortsatte dog med udbygningen mod nord i takt med, at skibene blev større og større. Spornettet blev ligeledes forøget og omfattede på et tidspunkt over 20 kilometer. I 1928 udveksledes 18.244 godsvogne mellem KFA og DSB.
Frihavnens baneafdeling var af betydelig omfang med både kontorpersonale, rangerfolk, lokomotivførere mv. Lokomotivførerne var oprindeligt kedelpassere og betjente også havnens mobile dampkraner. Op til midten af 1950´erne arbejdede KFA med tre rangersjak. To hold indenfor normal arbejdstid 7-16.30 og et aftensjak, der rangerede fra 12 til 20. Endvidere var der i vid udstrækning drift, når større skibe udlossedes og så kørtes der indtil skibet var tømt.
Over frihavnens jernbanesystem afvikledes endvidere en del interne transporter fra et skib til et andet - eller fra et pakhus til et andet - med jernbanevogn. til dette formål havde KFA et mindre antal egne åbne godsvogne, der var forsynet med KFA nummer og mærke, og gråmalede så de let kunne skelnes fra statsbanernes vogne.



Under 2. Verdenskrig ophørte den oversøiske trafik men efterhånden kom der gang i produktionen af indenlandsk brænsel og store mængder af tørv blev ekspederet gennem frihavnen. En del af frihavnens pakhuse anvendtes til oplagring af tørv og herfra blev tørven distribueret med hestevogn til de københavnske forbrugere. I krigens slutfase var frihavnen endestation for en lang række lazarettog fra østeuropa med døde og sårede ligesom et betydeligt antal flygtninge var indkvarteret i skure og pakhuse.
I 1970´erne blev verdens godstrafik omlagt til containere og frihavnen investerede i nye containerkraner. DSB etablerede direkte containerbloktog mellem København og Hamburg med en køretid på 20 timer. Det var langt hurtigere end transporten med skib og indtægterne fra skibstrafikken fortsatte med at falde. I 1978 udveksledes 7.312 godsvogne mellem KFA og DSB. I slutningen af 1970´erne var økonomien i frihavnsselskabet nu så dårlig, at det blev besluttet at likvidere selskabet og danne et nyt. Den 30. juni 1979 ophørte Københavns Frihavns-Aktieselskab og samme dag dannedes det nye selskab Københavns Frihavns & Stevedore A/S - forkortet KFS.
Jernbanedriften i Søndre Frihavn blev indstillet i 1985, hvor området samtidigt blev nedlagt som frihavn. Frihavnen blev året efter det ene knudepunkt for godstransportruten DanLink mellem København-Helsingborg, der blev åbnet den 3. november 1986 og nedlagt igen den 30. juni 2000.



I 2001 blev det besluttet at sammenlægge Københavns frihavn med havnen i Malmö under samme administration og derfor etableredes selskabet Copenhagen Malmö Port AB - forkortet CMP.
I 2005 blev driften på det resterende spornet indstillet og det rullende materiel solgt, og dermed sluttede 111 års jernbanedrift i frihavnen.



Den mest kendte bygning i frihavnen er stationsbygningen, der er tegnet af DSB-arkitekten Heinrich Wenck. Den blev restaureret i 1986, men pillet ned i 2002 og genopstillet tre år senere på Amerika Plads.

Rullende materiel

Damplokomotiver

KFA 1
Neilson 1894

KFA 2
Neilson 1895

KFA 3
Hartmann 1897

KFA 4
O&K 1920

Motorlokomotiver

KFA 1
Triangel 1932

KFA 2
Triangel 1932

KFA 3
Triangel 1933

KFA 4
Sentinel 1962

KFA
O&K 1968

CMP 374
Købt 1999 fra DSB MH 374. Udrangeret 2005. Solgt 2005 til Esbjerg Jernbane Klub som DSB MH 374.

CMP 378
Købt 2002 fra DSB MH 378. Udrangeret 2005. Ophugget 2005 i Nordhavnen.

Aftener med ændringer mellem Odense og Fredericia

Nætter med ændringer mellem Helsingør og København H

Tog efter en ændret køreplan mellem Fredericia, Kolding og Sønderborg, samt mellem Flensburg og Fredericia

Aftener og nætter med tog efter en ændret køreplan mellem København H og Næstved videre til Nykøbing F, samt enkelte Togbusser mellem Køge Nord og Ringsted, samt mellem Høje Taastrup og Næstved

Aftener og nætter med ændrede tider mellem Roskilde, Holbæk og Kalundborg - Togbusser for enkelte tog