Østtrafik har både vundet og tabt kørsel i udbuddene. Kørslen under STS blev genvundet i STS’ 2. udbud fra 1. juli 1996, hvor selskabet også vandt kørsel, som hidtil var udført af flere mindre entreprenører: Fakse Turistfart, Stevns Turistfart ApS, Rønnede Busselskab og noget af DSB bussers kørsel. Østtrafik vandt i alt kørsel med 24 busser, mens man kun kørte med 11 STS-busser før [BF111.3-9]. Denne kørsel blev genvundet i 5. STS-udbud fra 1. juli 1999 samt i STS' 7. udbud fra 1. juli 2004, hvor man derudover vandt en del af den kørsel, Connex (#39) hidtil havde udført for STS. Ved samme lejlighed blev linje 255 forkortet til ruten Køge st.-Hårlev st., og den blev derfor flyttet fra STS til en eksisterende HUR-kontrakt, da den ikke længere krydsede amtsgrænsen.
I VT vandt Østbanen ny kørsel ved selskabets 1. udbud med virkning fra 1. januar 1995, som dog blev tabt igen ved 4. udbud fra 1998. Desuden blev linje 251 og 252 tabt i 3. runde fra 1997, så Østtrafik nu ikke længere kørte for VT. I VTs 7. udbud fra 2003 fik Østtrafik igen kørsel i VT-området med enkelte busser i Haslev, men kørslen blev atter tabt i VTs 9. udbud fra 2006.
Først i 1998 blev selskabet rigtig entreprenør for HT, omend i det små. Da HT for første gang udbød telebus- og servicebuskørslen på linje 525, 825, 826 og 856 samt dagcenterkørslen i Køge i 7. udbud fra 4. januar 1998, vandt Østtrafik, på en blot to-årig kontrakt, hvor materiellet blev stillet til rådighed af HT. Denne kørsel blev genvundet i 9. udbud fra 2000, hvor busserne blev overtaget.
Skolebuskørslen i Vallø blev ændret fra skoleårets begyndelse i 1999, så ruterne blev åbnet og gjort mere attraktive for alm. passagerer - Østtrafiks del af denne kørsel fik linjenumrene 258 og 259. Denne kørsel blev genvundet fra 2002 og i udbud U1 fra 2008.
Østtrafik kørte ikke kun om dagen. Siden 1988 kørte Østbanen natbuskørsel i weekenderne op mod jul, og fra 1996 blev den udvidet til alle weekender hele året - først med linjenr. 955 og fra 1998 med linjenr. 99N.
Fra 1. januar 2001 overgik statens aktier i privatbanerne i amterne, som herefter blev benævnt lokalbaner. Det har fået afgørende betydning for privatbanernes buskørsel, idet amterne ikke må have bestemmende indflydelse på busselskaber, som de selv tildeler kørsel. I Østtrafiks tilfælde argumenterede man imidlertid med, at hverken HUR eller Storstrøms Amt havde bestemmende indflydelse i Østbanen a/s, selv om aktierne i henhold til loven blev overdraget til dem. Fra 1. juli samme år blev Østbanen og de andre lokalbaner i HUR-området fusioneret ind i Hovedstadens Lokalbaner (HL) med hovedsæde hos HUR på Toftegårds Plads i Valby, som stod for infrastruktur og materiel. Banedriften blev overdraget til Lokalbanen A/S, som fik hovedkontor i Hillerød [GRI2 s. 206]. Østtrafik a/s blev dermed et datterselskab af Hovedstadens Lokalbaner. Lokalbanen var 100 procent ejet af HUR (fra 2007 Movia), og HL var ejet 45 procent af HUR (fra 2007 Movia), 16 procent af amter (fra 2007 regioner), 14 procent af kommuner, A/S Lyngby-Nærum Banen og 25 procent af private aktionærer [JEB2.DK]. Indtil Østbanen blev fusioneret ind i Hovedstadens Lokalbaner, var Niels Munch Christensen direktør i både Østbanen og Østtrafik. Herefter blev han direktør for Hovedstadens Lokalbaner, mens Bent Møller Larsen blev direktør for Østtrafik.
I forbindelse med kommunalreformen i 2007 blev trafikdelen af HUR sammenlagt med STS og VT til Movia. Østbanen kørte herefter kun i ét trafikselskabs område, men fortsat med to forskellige takstsystemer. Af mere afgørende betydning var, at Østbanen nu udelukkende kørte i Region Sjælland, så fra 1. januar 2009 blev Østbanen overdraget fra Hovedstadens Lokalbaner A/S til Regionstog A/S. Dette selskab var en videreførelse af Lollandsbanen A/S, som også havde overtaget driften af Vestsjællands Lokalbaner A/S (Odsherredsbanen og Høng-Tølløsebanen), hvorefter driften af lokalbanerne i Region Sjælland var samlet i ét selskab. Fra 2015 fusionerede Regionstog A/S og Lokalbanen A/S til Lokaltog A/S.
Efter kommunalreformen i 2007 blev Østtrafiks kørsel for HT og STS samlet i Movia. Samtidig betød en ny lov, at lokalbanerne ikke længere måtte stå for buskørsel. Hovedstadens Lokalbaner solgte derfor Østtrafik a/s til DitoBus (#11) med virkning fra 16. marts 2009; selskabet fortsatte dog under Østtrafik-navnet. Østtrafik havde på det tidspunkt 46 kontraktbusser for Movia i Faxe, Stevns og Køge Kommune. Dertil kom nogle reservebusser, som blev anvendt til turist- og bestillingskørsel. Selskabets økonomi var meget dårlig, men 40 af de 46 busser stod over for et nyt udbud, og det var hensigten at redde selskabet ved at genvinde de 40 busser til bedre priser end hidtil. Selskabets økonomi, og ikke mindst kontrakten på de seks resterende busser, viste sig dog langt dårligere end forudset ved salget af Østtrafik A/S. Ved Movias udbud A5 fra 28. marts 2010 genvandt man hovedparten af kørslen - bl.a. bybusserne i Vordingborg blev dog tabt til Ørslev Turisttrafik (#48) - og samtidig indførtes DitoBus-navnet på den kørsel, der netop var genvundet. I Movias H-område drejede det sig om linje 99N, 253 og 255, mens udbuddet af linje 256 og 257 blev annulleret pga. ændringer senere på året - de blev også overført til DitoBus. Buddene på linje 258, 259 og 732 blev droppet, da Stevns Kommune fandt dem for dyre, og i stedet ændrede kommunen kørslen til lukket skolebuskørsel, der blev overtaget af det nye busselskab Lokaltrafikken ApS, som Østtrafiks tidligere driftschef Søren Rytgaard havde etableret. Han var i øvrigt også byrådsmedlem i Stevns Kommune - den instans, som skulle tildele kørslen!