CFL cargo Danmark ApS opstod ved årsskiftet 2006/07, hvor Dansk Jernbane ApS (DJ) blev omdøbt til CFL cargo Danmark ApS. Navneændringen skyldtes, at moderselskabet CFL cargo i Luxemburg ønskede at signalere, hved der stod bag selskabet.
To MX- og to MY-lokomotiver blev omlitreret fra Dansk Jernbane ApS og siden da er ydeligere lokomotiver indkøbt.
I Padborg har man et tæt samarbejde med Contec Rail ApS og BLDX A/S om værkstedsfaciliteter ligesom selskaberne flittigt låner lokomotiver og personale hos hinanden.
Med hjemsted i Padborg var det i begyndelsen godstransport på skinner i Danmark, der var i fokus, men i tæt samarbejde med søsterselskabet CFL cargo Deutschland udviklede virksomheden sig til udbyder af international skinnetransport særlig mellem Danmark og Tyskland.