I januar 2001 overtog Nordjyllands Amt statens aktier og dermed ansvaret for drift og infrastrukturen for A/S Hjørring Privatbaner og Skagensbanen A/S, hvorefter de to baneselskaber fusioneredes til Nordjyske Jernbaner A/S med hovedsæde på Skydebanevej i Hjørring.

Begge baner fortsatte driften med de ligeledes overtagne Y-tog, dog blev en ny fælles trafikcentral i Skagen for strækningerne i Hjørring-Hirtshals og Frederikshavn-Skagen taget i brug i 2002. Skagensbanens spor blev fornyet i 2003-04, en række overkørsler blev nedlagt og strækningshastigheden øget fra 75 til 100 km/t - endda 120 km/t på strækningen Hulsig-Skagen.

Den 9. januar 2005 blev fire nye Siemens Desiro togsæt indsat på strækningen Skagen-Frederikshavn og samtidig blev busdriften nedlagt og der blev op til 21 togafgange dagligt i hver retning. Yderligere tre Desiro togsæt blev leveret i februar 2005 og den 2.april 2005 indsattes de nye togsæt på Hirtshalsbanen. Den 1.januar 2007 blev Nordjyske Jernbaner et datterselskab af Nordjyllands Trafikselskab, som ejer 89% af aktierne.

Standsningssteder på Skagensbanen: Frederikshavn, Strandby, Rimmen, Jerup, Napstjert, Ålbæk, Bunken, Hulsig, Frederikshavnsvej, Skagen.
Standsningssteder på Hirtshalsbanen: Hjørring, Kvægtorvet (åbnet 2005), Teglgårdsvej (åbnet 2005), Herregårdsparken, Vellingshøj, Langholm (nedlagt 2004), Vidstrup, Sønderby, Tornby, Raundrup (nedlagt 2004), Horne, Terpet (ændret til Emmersbæk), Lilleheden, Color Line (1996 - ca 2008), Hirtshals.

- Nordjyske Jernbaner lokomotiver
- Nordjyske Jernbaner personvogne

Link til Nordjyske Jernbaner