Combus fik nemlig alvorlige økonomiske problemer, der bl.a. skyldtes de meget lave tilbud med deraf følgende underskudsgivende kontraktkørsel for flere trafikselskaber, heriblandt HT. Kørslen for HT har kostet Combus omkring 50 mio.kr. om året, og i januar 2001 var det kun i Sønderjyllands Amt, at Combus ikke kørte med underskud. Én af årsagerne til de lave tilbud var, at Combus fik udlånt en række tjenestemænd fra DSB, der ikke - som øvrige medarbejdere - skulle virksomhedsoverdrages til buddets vinder. Combus havde derfor en særlig interesse i at vinde for at undgå at stå med overtallige tjenestemænd, som der skulle udbetales tre års rådighedsløn til, hvis de valgte ikke at gå over til det nye selskab, eller Combus fandt andet arbejde til dem [COBBR97 s. 6-7]. Fra 1. april 1999 var problemet med tjenestemænd håndteret, så 90 procent overgik til almindelig ansættelse (men med særlige tillæg), mens de øvrige blev ført tilbage til DSB [COBBR98 s. 1+38].
Dyrere bud betød, at Combus ikke vandt kørsel i HT efter 1998, men tværtimod med virkning fra 2000 tabte den kørsel, der i sin tid blev vundet af Swebus.
Fra 1. marts 1999 samlede Combus sine ti busområder til fem regioner: Busområde Sjælland og Fyn blev slået sammen til Region Storebælt, Sønderborg og Vejle til Syd, Århus og Herning til Midt samt Viborg og Aalborg til Nord. Busområde København ændrede navn til region København, og busområde Bornholm havde tabt al sin kørsel fra maj samme år. Busområde International var fra 1. marts 1999 blevet solgt til Københavns Rundfart a/s (Auto Paaske) (læs mere om dette samt Combibus og Comfort Bus under Combus International til sidst i garageoversigten). Værkstederne blev udskilt som selvstændige enheder, der var uafhængige af regionerne. I foråret 2000 blev antallet af regioner yderligere reduceret fra fem til tre, så Region København og Storebælt blev til Region Øst, Syd og Midt til Region Syd, mens Region Nord ikke blev ændret [BF146.13].
Siden 1999 har Trafikministeriet forsøgt at sælge selskabet. I foråret 1999 tilførte staten 300 mio.kr. til Combus og skiftede bestyrelsen ud for dels at afværge en konkurs, dels gøre selskabet “salgsmodent”, og det førte til to interesserede købere, men intet salg. Det ene bud kom fra Bus 2000 A/S, som bestod af 55 medlemmer af Danske Busvognmænd, men Trafikministeriet takkede nej, da de mente, at buddet var for lavt. Den anden interesserede var Arriva (#1), men da Arriva erfarede, at man overvejede at indføre markedsbegrænsning på busselskabernes andel af kørslen i Danmark, valgte man at trække sig [BF139.3-5+140.12]. Senere forstummede dette krav. I december 2000 fik Combus atter tilført kapital med henblik på et hurtigt salg - staten tilførte yderligere 140 mio.kr. og seks banker nedskrev Combus’ gæld med 100 mio.kr. [BF148.22].
Først 15. januar 2001 lykkedes det endelig staten at sælge Combus – formelt med tilbagevirkende kraft fra årsskiftet og med reel virkning fra ca. 1. maj 2001. Køberen var Arriva Danmark, der overtog selskabet for et symbolsk beløb af 100 kr. Ifølge Rigsrevisionen tabte skatteyderne i alt 672 mio.kr. på Combus' endeligt - og mange private vognmænd havde mistet deres forretninger [BF264.17-20]. Straks efter overtagelsen videresolgte Arriva halvdelen af Combus til Connex Transport Danmark (#40), så Arriva fik en markedsandel på 37 procent af rutekørslen i Danmark og Connex 26 procent.
Arriva kom således til selv at stå for kørslen for VT (Vestsjællands Amt), STS (Storstrøms Amt), Fynbus (Fyns Amt), Sydbus (Sønderjyllands Amt), VAFT (Viborg Amt) og Ringkjøbing Amt samt bybusserne i Aalborg. Connex overtog kørslen for HT og NTs regionalruter (Nordjyllands Amt), og endelig blev kørslen for VAT (Vejle Amt) delt mellem Arriva og Connex, og i Århus Amt fik Connex kørslen for amtet, mens Arriva fik kørslen i Silkeborg. Combus kørte ikke for de to resterende trafikselskaber i Danmark, RAT (Ribe Amt) og BAT (Bornholm) [BF150.22+152.10+153.16-17]. I HT-området blev al Combus-kørsel altså overtaget af Connex, mens VT-linje 248 og 249, som kørte ind i HT-området blev overtaget af Arriva.
Da Arriva købte Combus, betingede man sig, at handlen skulle gå tilbage, hvis EU-Kommissionen ikke havde godkendt indskuddene senest 1. april 2001. Det skete, men Danske Busvognmænd besluttede at anlægge sag ved EU-Domstolen, da man mente, at statsstøtten var ulovlig. I marts 2004 fik Danske Busvognmænd medhold i, at en del af støtten var ulovlig, men da var det tidligere Combus for længst isoleret i et tomt selskab - 'Selskabet af 14. juni 1995 ApS' - uden værdier [MY.DK].
Combus' hovedkontor lå på Forbindelsesvej 3 nær Langelinie [DSBPS3 s. 153-158+DSBR+10HT+VJ +JHÅ07+HR+BF264.17-20+DABU+DSBR.DK+MY.DK+DB.DK+ KWM.DK+CVR.DK+COB.DK+JEB1.DK].