CFL cargo Danmark ApS opstod ved årsskiftet 2006/07, hvor Dansk Jernbane ApS (DJ) blev omdøbt til CFL cargo Danmark ApS. Navneændringen skyldtes, at moderselskabet CFL cargo i Luxembourg ønskede at signalere, hvem der stod bag selskabet.
To MX- og to MY-lokomotiver blev omlitreret fra Dansk Jernbane ApS og siden da er yderligere lokomotiver indkøbt. Selskabet er hjemmehørende i Padborg, hvor der er etableret værkstedsfaciliteter samt plads til opstilling af lokomotiver. CFL cargo Danmark ApS har fokus på godstransport på skinner i Danmark men samarbejder også med søsterselskabet CFL cargo Deutschland om grænseoverskridende trafik. Af transportopgaver kan nævnes spånplader til Herning og cement til Taulov. I tidens løb har der endvidere været kørt stålplader fra Frederiksværk, tankvogne til Grindsted og møllevinger til Esbjerg.