Desuden er der større kapacitetsproblemer især i det tyske, og det betyder, at de ikke bare kan modtage og aflevere tog når som helst. Hele systemet er til dels dikteret af kapaciteten omkring Hamborg.

Hvilke kapacitetsproblemer omkring Hamborg? Der er tre baner fra Neumünster til Hamborg, forskellige veje at sende tog gennem Hamborg. Fra Elben til Maschen er banen 6-sporet.

Godstogene bruger den enkeltsporede godsbane fra Eidelstedt til Rothenburgsort. Det er primært her der er kapacitetsproblemer, men også mellem Elmshorn og Eidelstedt samt mellem Rothenburgsort og Harburg er der tæt trafik. To af de seks spor er til S-tog.

I dagtimerne er det kapacitetsmæssigt udelukket at køre godstog ind forbi Dammtor og Hauptbahnhof.