Jeg vil mene at din linjeføring er ugennemtænkt og at det er muligt at reducere anlægsomkostningerne ved en alternativ linjeføring. (Primært omkring Kalundborg).

https://map.krak.dk/m/SIQvm

Sporet mellem Jylland og Samsø ligger der hvor vanddybden er lavest og derved er billigst at anlægge. Og på en dæmning det meste af vejen.
Sporet mellem Samsø og Sjælland ligger i en tunnel af hensyn til skibstrafikken og at det er for dyrt at anlægge en højbro. Enten som sænketunnel eller boret.

Mellem Samsø og Jylland kan overskydende materiale anvendes til at etablere en kunstig ø, kun til dyreliv.
Den ø skal delvis være over normal vandstand og resten tørlagt havbund, som du selv skriver.

En afstikker til Fyn mener jeg ikke er nødvendig.